過乙酸是一種高度殺生物的氧化劑，在有機土壤的存在下保持其功效。過乙酸去除內窺鏡管道上的表面污染物（主要是蛋白質）。1988年引入了一種使用過氧乙酸對醫療，外科和牙科器械進行化學滅菌的自動化設備（例如內窺鏡，關節鏡）。這種微處理器控制的低溫消毒方法在美G通常使用。滅菌劑，35％過乙酸和防腐劑以單劑量容器供應。在關閉蓋子并啟動循環之前，容器在使用時被刺破。濃縮的過乙酸在約50℃的溫度下用過濾水（0.2mm）稀釋**0.2％。稀釋的過乙酸在機器的室內循環并通過內窺鏡的通道泵送12分鐘，凈化外表面，管腔和附件?；Q托盤可用于處理多達三個剛性內窺鏡或一個柔性內窺鏡。連接器適用于大多數類型的柔性內窺鏡，以便通過定向流動灌注所有通道。剛性內窺鏡被放置在有蓋的容器內，消毒劑通過浸入循環消毒劑或通過使用通道連接器將流體引入管腔來填充管腔。通過下水道丟棄過乙酸，儀器用過濾水沖洗四次。有人擔心過濾水可能不足以保持無菌狀態。 有限的數據表明，低水平的細菌污染可能跟隨在AER中使用過濾水，但沒有關于使用過乙酸系統的AER數據發布。 清潔過濾的空氣通過機器的腔室和內窺鏡通道以移除多余的水。與任何滅菌過程一樣，系統只能對滅菌劑可以接觸的表面進行消毒。例如，當使用錯誤的連接器處理支氣管鏡時，發生支氣管鏡檢查相關感染。對這些事件的調查顯示，當使用不合適的通道連接器時以及當支氣管鏡制造商提供的再處理指令與自動內窺鏡清洗機的制造商之間存在不一致時，支氣管鏡未得到充分重新處理。還示出了用于剛性管腔裝置的通道連接器實現消毒的重要性。
制造商建議在安裝時和常規使用生物監測器以確保過程的有效性。必須使用制造商的夾子將條帶固定在機器的指定位置，因為較寬的夾具不允許滅菌劑到達下面的孢子。一名研究人員報告說，當使用合適的夾子將孢子條固定在機器內時，故障率為3％。使用設計用于監測液體化學
滅菌器的蒸汽滅菌或ETO的生物監測器受到質疑的原因有幾個，其中包括可能導致較少有效監測的濾紙條上的孢子沖洗。處理器配有電導率探頭，如果在過氧乙酸溶液的新鮮容器中未檢測到緩沖系統，則會自動中止循環。檢測活性成分> 1500 ppm的化學監測條可用于日常使用，作為附加過程控制。
